Tarihe silinmez isler bırakan Osmanlı Devleti'nin kuruluşu, yükselişi ve çöküşü büyük bir olaydır. Yirmi iki milyon kilometrekarelik bir coğrafyaya yayılmış olan büyük bir imparatorlukta yaşayan çeşitli ırk, din, dil ve kültürden gelen insan topluluğunun yönetimini incelemek önemli bir konudur.
Azınlıkların sosyo-ekonomik durumu, her dönemde müslümanlarınkinden kat kat daha iyi olmuştur. Burada, başlangıçtan beri tanınan ayrıcalıkların ve hoşgörünün büyük etkisi olmuştur.
Şehirlerde yaşayanlar sanat ve ticaretle uğraşırlar, en iyi mahallelerde otururlar ve varlık içinde bir yaşam sürerlerdi. Bu durum yalnız İstanbul, İzmir, Selânik gibi büyük şehirlerde değil küçük şehirlerde, kazalarda ve karma köylerde de aynı idi. Rus Generali Mayeswky "Van-Bitlis İstatistiği" isimli eserinde: "Bölgede yaşayan Ermeniler bölgenin en zengin tabakasını teşkil ederler... " derken; Fransız elçisi Mareşal Sebastian ise raporunda "Ermeni halkının hepsinin zengin ve mutlu olduklarını... " yazmaktadır.
Osmanlı Devleti, islam dininin kuralları ve örfi hukuk esaslarına göre yönetilen bir devlet idi.
Millet sistemi, her dinî grubun kendi içinden seçtiği en yüksek rütbeli bir din adamı tarafından yönetilmesi esasına dayanan idarî ve hukukî bir yapıya sahip idi. Böylece müslüman olmayan Osmanlılar kendilerine tanınan özerk yönetim yardımı ile kendi din, hukuk, gelenek ve eğitimlerini sürdürmek olanağını bulmuşlardır. Din kurallarını, geleneklerini ve özel hukuklarından doğan haklarını korumuş ve uygulamışlardır. Dinî grupların liderleri birer devlet memuru olarak toplumların yönetiminden, Sultan'a karşı sorumlu olmuşlardır.
Osmanlı egemenliğinin özelliği azınlıklara geniş ölçüde otonomi verme esasına dayanıyordu. Rumlar, Ermeniler, Yahudiler ve Latinler ayrı gruplar halinde ayrı başkanlar yönetiminde ayrı diller, ayrı hukuk esasları kullanıyorlardı.
Millet sistemi Fatih Sultan Mehmet zamanına kadar uzanıyordu. İstanbul'un fethinden sonra Fatih Sultan Mehmet Rumlara dinî geleneklerine göre bir patrik seçmelerini emretti. Rumlar Georgios Kurtesis Scholarius'u "Gennaidos" adı ile patrik seçtiler.
Yeni patriği kabul etmek için bir divan toplayan Fatih, vezirlerini Gennaidos'u karşılamaya gönderdi. O günlerde hiç kimseyi karşılamak için Sultan'ın ayağa kalkması adet değil iken, Fatih yerinden kalktı ve patriğe doğru on adım ilerledi, elinden tutarak oturduğu yere kadar getirdi ve yanına oturttu. Kendisine, önceki bütün patriklerin sahip olduğu bütün ruhanî otoriteye sahip olduğunu, ayrıca Rumların davalarının eskisi gibi Ruhanî Meclis'te görülebileceğini söyledi ve patriklik asasını verdi. Fatih Sultan Mehmet, daha sonra bir fermanla Gennaidos'un patrikliğini onayladı ve Rumlara verilen hakların Sultan'ın destek ve güvencesi altında olduğunu açıkladı. Fatih, Gennaidos'a "Millet Başı" unvanını da vermiş ve böylece patrik ruhanî yetkilerinin yanında bir de yönetim yetkisi kazanmıştı.
Patrikten sonra metropolit ve piskoposlar da Osmanlı Devleti tarafından tayin edilir ve bölgelerindeki Rumların en üst yöneticileri olarak din ve yönetim işlerine bakar, gereğinde ceza yetkilerini kullanırlardı.
Bulgar kilisesi daha kurulduğundan başlayarak Rum-Ortodoks kilisesine bağlı idi. Bulgarlar ancak 1870 yılında Osmanlı Devleti'nin yardımı ile bağımsız kiliselerini kurabildiler. Daha sonraki yıllarda Sırp Kilisesi de İstanbul Rum-Ortodoks Patrikliği'ne bağlandı.
Fatih devrinde, Yahudiler de ayrı bir millet olarak Hahambaşının liderliğinde düzenlendiler. Böylece Rum ve Ermeni patriklerine tanına bütün haklar Hahambaşına da tanındı.
Osmanlı Devleti'ndeki azınlıklar, XVII. yüzyılın sonuna kadar, millet sisteminin sağladığı hak ve kolaylıklardan yararlanarak rahat bir hayat içinde sosyal ve ekonomik varlıklarını geliştirdiler. Durumları müslüman nüfustan çok daha iyi idi.